Reka bentuk Masjid UKM adalah hasil ilham
Encik Abdullah Bakri, bekas Pengarah Unit Pembangunan, UKM. Bangunan
ini dikelilingi oleh enam menara dan sebuah menara besar setinggi 6666
sentimeter yang telah diilhamkan oleh Tun Syed Nasir, bekas Pro Canselor
UKM.
Bangunan Masjid ini mengandungi tiga
paras di mana pada awal penubuhan, paras dua digunakan ketika solat
fardhu untuk jemaah lelaki manakala paras tiga untuk jemaah wanita.
Paras satu pula digunakan untuk solat Jumaat. Bangunan Masjid ini
berkeluasan 25 713.41 meter persegi (74 500) dan boleh menampung jemaah
seramai 5000 orang dalam satu - satu masa.
Paras satu Masjid mempunyai sebuah dewan
solat, temapt wudhu (lelaki dan wanita), tandas ( lelaki dan wanita),
pejabat pentadbiran Pusat Islam UKM dan sebuah bilik mesyuarat, sebuah
bilik rehat imam dan bilal, tiga buah bilik seminar dan sebuah bilik
mandian jenazah.
Paras tiga pula mempunyai dewan solat wanita, bilik studio dan dua tempat wudhu.
Persekitaran masjid mempunyai enam
buah pondok wakaf, sebuah dapur (termasuk bilik mandi dan tandas), dua
buah tempat wudhu serta terdapat lebih kurang 300 lot tempat letak
kereta.